Tras la muerte en 1989 de Jomeini, el primer líder supremo de la República Islámica, Jamenei ya no era considerado su sucesor natural. Fue nominado como candidato por un rival potencial, el ayatolá Akbar Hashemi Rafsanjani, y obtuvo el apoyo de otros clérigos.
Durante la siguiente década, Jamenei posicionó al Cuerpo de la Guardia Revolucionaria Islámica y a sus principales comandantes no sólo como la principal fuerza militar del país, sino también como la principal potencia económica. La Guardia Revolucionaria supervisó vastas fundaciones que controlaban gran parte de la economía.
A cambio, estos comandantes de la Guardia Revolucionaria se convirtieron en el círculo íntimo de Jamenei, ayudando a sofocar el malestar interno y exportando la ideología revolucionaria de la República Islámica a toda la región, al Líbano, Gaza, Irak y Yemen.
El primer desafío real a su poder político como líder supremo se produjo con la elección del presidente reformista Mohammad Khatami, también clérigo, en 1997. Jatami abogó por más libertades sociales y durante varios años Jamenei toleró los cambios impulsados por el movimiento reformista.
Pero cada vez que la presión por una mayor libertad y cambio se ha derramado en las calles en forma de protestas (en 1999, 2009, 2019 y 2022 y durante los últimos dos meses), Jamenei ha respondido con asesinatos y detenciones masivas. Grupos de derechos humanos documentó la tortura detenidos después de cada represión.
Cuando Estados Unidos invadió Irak en 2003, Jamenei vio una oportunidad para continuar con sus años de retórica antiestadounidense y encargó al brazo de servicios exteriores de la Guardia Revolucionaria, la Fuerza Quds, que trabajara con milicias chiítas de ideas afines para atacar a las tropas estadounidenses.
Los artefactos explosivos improvisados utilizados por las milicias iraquíes, con la ayuda de la Guardia Revolucionaria, han mutilado y matado a decenas de estadounidenses en Irak, un punto que Trump ha enfatizado en las últimas semanas al hablar de su disgusto por el régimen.
Sin embargo, Jamenei también demostró un lado pragmático cuando aceptó un acuerdo nuclear con las potencias estadounidenses y europeas, oficialmente conocido como Plan de Acción Integral Conjunto, en 2015, un acuerdo que limitaba el programa nuclear de Irán a cambio del levantamiento de las sanciones.
Cuando Trump se retiró del acuerdo en 2018, Jamenei pareció endurecer su visión del mundo antiestadounidense, argumentando que no se podía confiar en Estados Unidos.
